機關歷史介紹：

民國(下同)34年臺灣光復之初，政府僅於臺北市設立臺灣高等法院暨檢察處，管轄臺灣地區第一審上訴之民、刑事案件。東、南部之訴訟當事人長途跋涉，至感不便。司法行政部基於事實需要，於36年核准在臺南市設立臺灣高等法院第一分院暨檢察處，並於同（36）年4月，調派當時臺灣高雄地方法院院長孫德耕先生為首任院長，負責籌劃事宜。經孫院長商得交通部臺灣郵電管理局臺南郵電局及臺南市政府同意，將坐落臺南市中山路（即現今170號）之臺南儲金管理所（原日據時代之商品陳列館），撥為該分院院宇，經略事整修後，於同（36）年6月1日正式成立。同（36）年7月14日，派程元藩先生為第一任首席檢察官，管轄範圍包括嘉義（含雲林地區）、臺南、高雄（含屏東、澎湖地區）3個地方法院檢察處。

37年1月1日，臺灣高等法院第一分院檢察處更名為臺灣高等法院臺南分院檢察處。38年12月臺灣屏東，澎湖地方法院檢察處相繼成立，所轄地檢處增為5處。38年12月28日，臺灣臺東地方法院檢察處劃歸臺灣高等法院臺南分院檢察處管轄，因此所轄之地檢處又再增1處。51年1月1日，臺灣高等法院臺中分院檢察處成立，臺灣嘉義地方法院檢察處劃歸臺灣高等法院臺中分院檢察處管轄。

 54年5月1日，臺灣高等法院於花蓮設立臨時庭，復將不服臺灣臺東地方法院檢察處檢察官處分不起訴之再議案件，劃由花蓮臨時庭檢察官審核。後以嘉義地區至臺南市為最近，自55年1月1日起，又將臺灣嘉義地方法院檢察處劃歸臺灣高等法院臺南分院檢察處管轄。

69年7月1日審檢分隸，各級檢察機關隸屬於行政院之法務部，臺灣高等法院臺南分院檢察處人員編制增加，業務範圍擴大。78年12月24日法院組織法修正施行，臺灣高等法院臺南分院檢察處更名為臺灣高等法院臺南分院檢察署，首席檢察官改為檢察長，機關組織編制與員額都有所更動。

79年2月1日臺灣高等法院高雄分院檢察署成立，臺灣高雄、屏東、澎湖3個地方法院檢察署劃歸臺灣高等法院高雄分院檢察署管轄，本署並裁撥編制員額28人（含技工、工友）給臺灣高等法院高雄分院檢察署。同（79）年5月1日又將臺灣雲林地方法院檢察署劃歸本署管轄。目前本署所轄計有臺南、嘉義、雲林等3個地方檢察署，訴訟轄區涵蓋臺南市、嘉義市、嘉義縣及雲林縣4個縣市。民國107年5月25日配合法院組織法增訂第114條之2條文，檢察機關去「法院」化，本署更名為臺灣高等檢察署臺南檢察分署。